Zlikwidowano szkoły specjalne, zamykano szpitale psychiatryczne, wstrzymywano prace naukowo-badawcze związane z rozwojem pedagogiki specjalnej.
Jedną z form czynnego przeciwstawiania się hitlerowskiemu okupantowi stał się w Polsce lat 1939–1945 rozbudowany system tajnego nauczania. Większość pedagogów specjalnych w tym okresie poświęciło się tajnemu nauczaniu dzieci pełnosprawnych. Działania na rzecz upośledzonych były w tym czasie w dużej mierze, działaniami opiekuńczymi, chroniącymi życie, zapewniającymi posiłek czy schronienie. Maria Grzegorzewska w okresie od 1 listopada 1939 do 1 sierpnia 1944 zajmowała się także tajnym nauczaniem dzieci niepełnosprawnych oraz przez całą okupację organizowała pomoc dla dzieci dotkniętych skutkami wojny.
Ludobójstwo i trudne warunki życia podczas wojny spowodowały utratę wielu nauczycieli i wychowawców. Prace na rzecz przetrwania szkół i zakładów dla niepełnosprawnych podejmowane w tak trudnych warunkach, pełnych okrucieństwa, codziennych dramatów i pogardy dla człowieka, miały szczególny wymiar moralny – stanowiły szczególną obronę podstawowych zasad etycznych i moralnych.