Po sformowaniu składu i zagraniu kilku koncertów, grupa rozpoczęła przygotowania do nagrania swojego pierwszego wydawnictwa w wytwórni Zoo Entertainment, Opiate (1992), którego nazwę zaczerpnęli ze znanego cytatu Karola Marksa – „Religia jest opium ludu”. EP-ka zawierała 6 ostrzejszych utworów, w tym single Opiate i Hush, które szybko zyskały sobie miłośników. Do utworu Hush powstał również teledysk, w którym zespół wystąpił nago z plakietkami na genitaliach i ustach, oznaczającymi sprzeciw wobec cenzury. Tool zaczął trasę koncertową z Rollins Band, Skitzo, Fishbone i Rage Against the Machine. Grupa zbierała dobre opinie, a Janiss Garza z RIP Magazine napisał, że to „mocny start”.
Undertow (1993–1995) Tool już w 1993 roku nagrał swój pierwszy długogrający album – Undertow. Wkrótce po wydaniu płyty ruszył w trasę z Henrym Rollinsem i jego Rollins Band oraz Fishbone a także Rage Against The Machine, dzięki której album osiągnął szczyt popularności (14 maja 2001 Undertow osiągnął status podwójnej platynowej płyty).
Zespół wzbudził również wiele kontrowersji wraz z wydaniem singla i teledysku Prison Sex (wyreżyserowanym przez Adama Jonesa), którego temat stanowiło wykorzystywanie seksualne dzieci.