Kilka stacji telewizyjnych odmówiło jego emisji (w tym MuchMusic i MTV).
Tuż po rozpoczęciu nagrań materiału na kolejny albumu, we wrześniu 1995, D’Amour opuścił zespół z powodów ambicjonalnych (chciał tworzyć bardziej eksperymentalną muzykę). W listopadzie zastąpił go Justin Chancellor, wcześniejszy basista Peach, angielskiego zespołu, z którym Tool grał trasy w Europie.
Ænima (1995–2001) Po przyjęciu nowego basisty Tool kończy nagrywanie drugiego albumu, który oficjalnie wydany zostaje w październiku 1996 roku pod nazwą Ænima. Jest on zadedykowany zmarłemu satyrykowi Billowi Hicksowi, z którego skeczy zespół często korzystał w swoich utworach (np. refren utworu Ænema). Po raz kolejny singiel zespołu wzbudza kontrowersje w mediach. Utwór Stinkfist, którego nazwa i tekst mogą zostać łatwo skojarzone z fistingiem (choć sam Maynard zaprzeczał takiej interpretacji), w wielu stacjach radiowych zostaje skrócony i pozbawiony części tekstu, zaś MTV zmienia jego nazwę na Track #1.
W 1997 dotychczasowa wytwórnia promująca zespół, Volcano Records, zerwała kontrakt i wniosła sprawę do sądu przeciwko grupie, co stało się bezpośrednim powodem absencji zespołu na tle wydawniczym.