Niemożność wydawnicza spowodowała także powstanie grupy A Perfect Circle, którą Maynard James Keenan założył z byłym technicznym Toola Billym Howerdelem.
Tool na doniesienia prasowe dotyczące domniemanego rozpadu zespołu wydaje w roku 2000 VHS/DVD/CD box set Salival, zawierający jeden nowy utwór, Merkaba, covery zespołów Led Zeppelin (No Quarter) oraz Peach (You Lied) oraz nową wersję bardzo popularnego wśród fanów utworu Pushit. Box zawierał również szereg teledysków i materiałów video.
Lateralus (2001–2006) thumb|250px|Adam Jones podczas koncertu na festiwalu Roskilde w 2006 W lutym 2001 r. zespół wydaje kolejny album, Lateralus, na którym średnia długość utworu oscylowała w okolicach sześciu i pół minuty, a teledysk do utworu Parabola (na albumie stanowi on dwa utwory Parabol oraz Parabola) trwał ponad dziesięć i pół minuty, co było powodem niechęci mediów do jego puszczania. Mimo to album osiągnął ogromny światowy sukces, dochodząc do pierwszego miejsca na liście Billboard Top 200 już w pierwszym tygodniu po debiucie, a utwór Schism nagrodzony został nagrodą Grammy za najlepsze wykonanie metalowe 2001 r.