W toku wydarzeń gracz wchodzi w interakcje z różnorodnymi postaciami, w tym z autentycznymi osobami historycznymi, takimi jak car Mikołaj II czy wspomniany Rasputin, a także z fikcyjnymi bohaterami reprezentującymi warszawski półświatek i elity. Istotnym elementem świata przedstawionego jest relacja taumaturgów z ich skazami (takimi jak pycha czy gniew), które przyciągają niebezpieczne salutory.
Narracja gry kładzie nacisk na moralnie niejednoznaczne wybory, które mają wpływ na przebieg historii oraz jej zakończenie. Decyzje podejmowane przez gracza kształtują losy Wiktora oraz wpływają na to, w jaki sposób poradzi on sobie z trawiącymi go i miasto problemami.
Rozgrywka The Thaumaturge jest izometryczną grą RPG, kładącą silny nacisk na narrację oraz mechaniki detektywistyczne, łączącą cechy gry przygodowej z taktyczną walką. Rozgrywka koncentruje się na eksploracji pieczołowicie odwzorowanych dzielnic Warszawy z 1905 roku, prowadzeniu rozmów z postaciami niezależnymi oraz rozwiązywaniu śledztw poprzez wyszukiwanie poszlak i wyciąganie wniosków z emocjonalnych śladów ukrytych w przedmiotach.