Na przełomie wieków rzeka Capel została odizolowana od mokradeł Stirling poprzez usypanie wysokich wałów po obu stronach rzeki, co miało na celu powstrzymanie napływu wody morskiej do systemu mokradeł Stirling.
Historia Pierwotnymi mieszkańcami dorzecza rzeki Capel byli Aborygeni z grupy plemion , znani pod nazwą , czyli „ludzie, którzy żyli nad oceanem i podążali leśnymi ścieżkami”. Informacje zebrane na podstawie historii mówionej wskazują, że rzeki, estuaria i tereny podmokłe miały dla tych społeczności na ogół bardzo duże znaczenie, zarówno w wymiarze praktycznym, jak i duchowym. Wcześni osadnicy europejscy odnotowali wiele przypadków korzystania przez społeczności aborygeńskie z rzeki w okresie letnim w celu połowu ryb, podczas gdy zimą grupy te zdawały się przemieszczać w głąb lądu, aby polować na kangury i inne torbacze.
Pierwszymi Europejczykami, którzy przybyli w okolice rzeki, była francuska ekspedycja pod dowództwem Nicolasa Baudina na pokładzie statku , która dotarła w 1801 do Zatoki Geografa. Nie dostrzegli oni jednak rzeki Capel, ponieważ była ona ukryta za wydmami i zdecydowali się ruszyć dalej, przeoczając tym samym obfite źródło słodkiej wody.