W VI w. świątynie Akropolu zostały zamienione w kościoły chrześcijańskie – Partenon stał się kościołem dedykowanym Matce Boskiej, Erechtejon – kościołem Zbawiciela, świątynia Ateny Nike kaplicą a propyleje siedzibą episkopatu. W XI w. Partenon pełnił funkcję katedry.
W okresie frankokracji (1204–1456) w propylejach rezydował możnowładca.
Po zajęciu Aten przez Turków w 1458 roku Partenon został zamieniony w meczet – w jego południowo-zachodnim narożniku wzniesiono minaret.
W okresie Imperium Osmańskiego (1456–1833) na Akropolu stacjonował garnizon armii tureckiej. W XVII w. Turcy w Partenonie urządzili magazyn amunicji, który eksplodował 26 września 1687 roku wskutek bombardowania podczas oblężenia Aten przez Wenecjan pod przywództwem Francesco Morosiniego (1618–1694). Eksplozja ta zniszczyła środkową część świątyni. Na początku XIX wieku większość pozostałych tam jeszcze wówczas rzeźb (18 posągów, 15 metop i 56 bloków fryzu) została za zgodą władz tureckich usunięta przez brytyjskiego dyplomatę Thomasa Bruce’a (1766–1841), wywieziona do Anglii jako tzw. „marmury Elgina” i sprzedana British Museum w 1816 roku.