Dalsze życie – Wolna i Lubów Rafał Ślizień wrócił na Litwę w 1830 na prośbę ojca. Zamieszkał w Wolnej, gdzie zajął się gospodarowaniem przestrzeni, przebudową dworu w stylu neogotyckim oraz wnoszeniem folwarków w okolicy. W 1832 zawarł związek małżeński z odległą krewną, Kamilą z hrabiowskiego rodu Tyszkiewiczów herbu Leliwa. Mieli szóstkę dzieci: Jana (1835–1879), który odziedziczył majątki po ojcu, Gustawa (~1839–1894), Waldemara, Henryka (zm. 1910), Ritę oraz Mariettę.mały|Dwór w Lubowie (lata 20. XX w.) W 1857 brat jego żony Wincenty Tyszkiewicz (1800–1867) przekazał małżeństwu jeden z najstarszych dworów na Litwie w miejscowości Lubów pod Wilnem (gubernia wileńska). Rafał Ślizień przeniósł się na stałe do Lubowa, gdzie wzniósł kaplicę rodową (dziś nieistniejącą).
Zmarł 20 maja 1881 i został pochowany w kaplicy na terenie dworu w Lubowie wraz z żoną.
Dziedzictwo Majątek w Lubowie znajdował się w rękach rodziny do jego nacjonalizacji w 1940 przez Związek Sowiecki. Jego ostatnim właścicielem był wnuk Rafała, Rafał Jan Ślizień.