Jednocześnie w 1942 i 1944 roku Judenrat aktywnie zaangażował się w organizację wywózek z getta łódzkiego do obozów zagłady, m.in. przygotowując listy deportacyjne oraz angażując funkcjonariuszy Służby Porządkowej do przeprowadzania obław na wysiedleńców.
Łódzki Judenrat zakończył działalność wraz z akcją likwidacyjną łódzkiego getta w sierpniu 1944 roku, w jednym z ostatnich transportów z getta do Auschwitz-Birkenau wywieziony został Rumkowski. Po likwidacji getta władze niemieckie powołały nową Radę Starszych i Przełożonego Starszeństwa Żydów, którym został Majer Karmioł, zastąpiony następnie przez Michała Eliasberga. Kompetencje Judenratu w sierpniu 1944 roku ograniczały się jednak do utrzymania stanu sanitarnego istniejących jeszcze w Łodzi obozów, w których osadzeni zostali pozostający w mieście Żydzi.
Geneza i utworzenie łódzkiego Judenratu 1 września 1939 roku III Rzesza rozpoczęła zbrojną agresję przeciwko Polsce. Wojska niemieckie wkroczyły do Łodzi 9 września.