Na wyspach japoński garnizon liczący około 600 ludzi, wraz z policją, teraz pod kontrolą japońską, odpowiadał za utrzymanie porządku.

Zbrodnie wojenne Wydarzenia z następnych trzech lat nie są łatwe do ustalenia, ponieważ Japończycy zniszczyli wszelkie dokumenty po opuszczeniu wysp. Głównymi źródłami są niepublikowany raport mieszkańca Andamanów Rama Krishny: The Andaman Islands under Japanese Occupation 1942–5, kolejna niepublikowana relacja brytyjskiego oficera D. McCarthy’ego (który został wysłany na wyspy z tajną misją w 1944 roku): The Andaman Interlude, a także wspomnienia starszych mieszkańców, z którymi rozmawiali historycy. Wszystkie te informacje oraz publikacje, które się na nich opierają, zgodnie wskazują, że okupacja była pełna zbrodni popełnionych przez Japończyków na miejscowej ludności.