W trakcie okupacji niemieckiej, ks. Wójcik udzielał pomocy osobom pochodzenia żydowskiego w tym między innymi Izaakowi Wildowi i jego żonie Helenie, którym wystawił metrykę chrztu, chroniąc ich przed wysiedleniem do getta. Udzielał również wsparcia w wyżywieniu i ubraniu oraz pomocy finansowej, Herskowi Gelbowi, który zbiegł w trakcie masowej egzekucji Żydów w lesie w Przeczycy. Wspierał także polską partyzantkę, między innymi przekazując jej pieniądze, a podwładnym ppor. Adama Winnickiego pseud. „Pazur”, przekazując pięćdziesiąt kożuchów.
Jesienią 1946 był inicjatorem założenia Gminnej Spółdzielni „Samopomoc Chłopska” w Krościenku z siedzibą w Grywałdzie w której pełnił funkcję prezesa Rady Nadzorczej. W sierpniu 1947 na własną prośbę został przeniesiony do Łosiów-Klimkówki, gdzie pełnił funkcję rektora kaplicy. Latem 1948 został wikariuszem parafii w Wietrzchowicach.