Od początku działalności Towarzystwo zabiegało o utworzenie w Chełmie Wyższej Szkoły Zawodowej. W tym celu prowadziło szeroko zakrojoną akcję promocyjną wśród instytucji samorządowych i rządowych, do Ministerstwa Edukacji Narodowej przekazano 2000 podpisów z poparciem dla tej idei. Starania zwolenników powstania uczelni zakończyły się sukcesem: w roku 2001 oficjalnie została powołana Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Chełmie (PWSZ)(od 2022: Państwowa Akademia Nauk Stosowanych).
W roku 2011 zainaugurowano działalność Uniwersytetu Trzeciego Wieku. Z oferty Uniwersytetu, założonego z inicjatywy Chełmskiego Towarzystwa Naukowego i Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Chełmie. W pierwszym roku funkcjonowania Uniwersytetu ponad 380 słuchaczy uczestniczyło w zajęciach z informatyki, historii, kultury, filologii polskiej, edukacji ekologicznej i prozdrowotnej, prawa i techniki.
W 2007 i 2008 odbyły się „Polsko-Ukraińskie Warsztaty Malarskie”. W roku 2011 zainicjowano projekt naukowy „Środowiskowe priorytety Polskiej Prezydencji w naszym mieście Chełm – Ochrona różnorodności biologicznej” i konkurs „Ginące gatunki roślin i zwierząt na terenie miasta Chełm i formy ich ochrony”.
Konferencje naukowe (wybór) Konferencje (w tym konferencje międzynarodowe) organizowane były w Chełmie w większości wspólnie z PWSZ.