Przed 1945 rokiem w kościele znajdowało się bogate wyposażenie malarskie i rzeźbiarskie, w tym m.in. pochodzące z dawnego kościoła kolegiackiego figura św. Ottona (kopia figury znajduje się na zamku, oryginał przechowuje Muzeum Narodowe w Szczecinie) i płyta nagrobna Heninga von Rehberg z 1370 roku oraz epitafium księcia Bogusława X.
Po wygaśnięciu książęcego rodu Gryfitów kościół przestał pełnić funkcję kaplicy rodowej, na początku XVIII wieku utworzona została parafia św. Ottona, która istniała do 1944 roku. Od 1726 roku na mocy zarządzenia króla Fryderyka Wilhelma I należeli do niej wszyscy urzędnicy królewscy. Od 1727 roku swoje nabożeństwa w kościele odprawiali także członkowie francuskiej gminy ewangelicko-reformowanej. W 1731 roku na rozkaz króla wywieziono do Berlina znajdujące się w kościele zbroje i chorągwie książąt pomorskich. Od 1789 roku z kościoła korzystali wierni należący wcześniej do parafii przy zniszczonym kościele Mariackim.