Jako przywódca Kościoła Norwegii Berggrav stawał się coraz bardziej postacią integrującą. Z pierwotnie liberalnego stanowiska teologicznego, przesuwał się w kierunku centroprawicy. Jego zdolności do budowania porozumienia znalazły swój wyraz podczas II wojny światowej, kiedy stał się czołowym przedstawicielem oporu Kościoła wobec nazizmu.
Przywódca ruchu oporu Biskup Eivind Berggrav zyskał międzynarodową sławę, przewodząc oporowi Kościoła Norwegii przeciwko nazistowskiej okupacji Norwegii podczas II wojny światowej, mimo że przez większość wojny przebywał w areszcie domowym.
W latach poprzedzających wojnę Berggrav współpracował z Henrik Sørensenem, Johanem H. Andresenem oraz ówczesnym następcą tronu Olafem, próbując pośredniczyć między Niemcami a Wielką Brytanią. Wstrząśnięty niemiecką inwazją na Norwegię 9 kwietnia 1940 r. i próbą pojmania króla Haakona VII zniechęcał norweskich chrześcijan do angażowania się w dalszą walkę, którą postrzegał jako wojnę domową między zwolennikami króla i rządu emigracyjnego Johana Nygaardsvolda a zwolennikami faszystów, na czele z przywódcą marionetkowego rządu kolaboracyjnego Vidkunen Quislingiem.