Był też systematykiem roślin okrytozalążkowych, autorem monografii rodzaju Orobanche. Dla przeglądowych wydawnictw pod redakcją Adolfa Englera, Die natürlichen Pflanzefamilien i Das Pflanzenreich, opracował rodzinę zarazowatych. Opisał liczne nowe taksony, między innymi rodzaje Kopsiopsis (Beck) Beck i Xylanche Beck, a w obrębie rodzaju Orobanche sekcję Inflatae (Beck) Rouy (pierwotnie jako podsekcję) oraz liczne gatunki. Był również autorem dzbaneczników.
Beck von Mannagetta opracował również klasyfikację owoców. Niektóre wprowadzone przezeń grupy oraz określenia rzadkich rodzajów owoców zostały przyjęte we współczesnej klasyfikacji. Na przykład typ owocu podobny do strąka, ale rozpadający się na jednonasienne elementy, występujący u mimozy wstydliwej, jest nazywany, zgodnie z propozycją Becka, łacińskim terminem craspedium.
Badał także glony i grzyby.