W 1918 roku został członkiem Narodowej Akademii Nauk i otrzymał między innymi Order Świętego Olafa w 1929 roku oraz Medal za Wybitną Służbę Amerykańskiego Towarzystwa Medycznego w 1942 roku.
Hektoen opublikował ponad 300 artykułów medycznych na różnorodne tematy. Początkowo były to głównie prace opisujące przypadki patologiczne, ale w 1894 roku opublikował „Technikę sekcji zwłok”, po 1897 roku zaczął publikować prace na temat infekcji bakteryjnych i grzybiczych, a od 1900 roku opublikował wiele artykułów z zakresu patologii sądowej (był także biegłym sądowym). Na początku XX wieku zainteresował się immunologią i rozpoczął badania nad grupami krwi i reakcjami aglutynacji czerwonych krwinek. Był pierwszym, który opisał zasadę próby krzyżowej. W 1917 roku, badając odporność u królików, opublikował opis zjawiska znanego obecnie jako reakcja anamnestyczn, a w 1933 roku, współpracując z Williamem H. Welkerem, wprowadził zastosowanie wodorotlenku glinu jako adiuwantu w celu zwiększenia potencjału immunogennego wstrzykiwanych antygenów.