W pierwszych dniach wojny poślubił tam Alicję Ziomek i ewakuował się wraz z żoną na wschód Polski. Dotarli do Lwowa, gdzie Henryk zdał ostatnie egzaminy brakujące mu do uzyskania dyplomu lekarza, po czym wrócili do Krakowa.
W latach 1939–1940 pracował jako lekarz stażysta w klinikach Uniwersytetu Warszawskiego oraz Zakładzie Położniczo-Ginekologicznym Ks. Anny Mazowieckiej w Warszawie. Po odbyciu praktyk lekarskich w 1941 otrzymał stanowisko lekarza rejonowego, kierownika ośrodka zdrowia w Brzesku Nowym, które zajmował do 1944Zofia Bielańska-Osuchowska. Osobiste wspomnienie o Henryku Godlewskim. „Post. Biol. Komórki” 2001, 28, suppl. 17, s.4-7 (dostęp 30.01.2026). Był żołnierzem Armii Krajowej, komendantem lazaretu polowego. Po zakończeniu wojny pracował jako lekarz kolejowy w Laskowicach, a następnie był dyrektorem szpitala w Malborku, gdzie został aresztowany przez UBHenryk Gabryel Godlewski w bazie biogramów Uniwersytetu Jagiellońskiego (dostęp 30.01.2026). W 1945 rozpoczął pracę w Zakładzie Histologii i Embriologii Akademii Lekarskiej w Gdańsku pod kierownictwem prof. Stanisława Hillera.