W 2004 roku, w ramach reformy systemu federalnych organów władzy wykonawczej, utworzono Federalną Agencję Transportu Lotniczego jako wyspecjalizowany organ administracji państwowej podporządkowany Ministerstwu Transportu Federacji Rosyjskiej. Podstawę prawną jego powołania stanowił Dekret Prezydenta Federacji Rosyjskiej nr 314 z dnia 9 marca 2004 r. „O systemie i strukturze federalnych organów wykonawczych”. Celem reformy było rozdzielenie funkcji politycznych i normotwórczych, realizowanych przez ministerstwo, od zadań wykonawczych i nadzorczych powierzonych agencji. Rosawiacji powierzono zadania centralnego organu właściwego w sprawach certyfikacji i licencjonowania w lotnictwie cywilnym, prowadzenia rejestrów lotniczych oraz nadzoru nad bezpieczeństwem operacyjnym.
W pierwszej dekadzie swej działalności Rosawiacja koncentrowała się na porządkowaniu rynku: redukcji liczby nierentownych i niebezpiecznych przewoźników, wdrażaniu standardów ICAO oraz ujednolicaniu przepisów technicznych.