Przedłużający się impas doskwierał im coraz wyraźniej, tym bardziej że „Hector” szybko odpłynął do Bantam we współczesnej Indonezji. Sfrustrowany marazmem oraz brakiem postępów Hawkins, pozostawił wreszcie na miejscu złożonego chorobą Fincha i przywdziawszy szaty afgańskiego szlachcica, 1 lutego 1609 udał się do Agry. W mieście tym wówczas rezydował mogolski dwór cesarski. W podróży przed oblicze mogolskiego władcy, jego bezpieczeństwa strzegli pasztuńscy żołnierze.
Kariera na mogolskim dworze Na dwór władcy Wielkich Mogołów Hawkins trafił po trwającej dziesięć tygodni podróży 16 kwietnia 1609. Mimo ochrony zapewnianej mu przez wspomnianych wyżej Pasztunów, podróż była dla kupca wyjątkowo trudna i niebezpieczna. Tylko dzięki ogromnemu szczęściu uniknął podczas niej śmierci. Potężniejsi konkurenci handlowi za wszelką cenę chcieli bowiem zlikwidować kupca, zanim ten będzie mógł stanąć przed obliczem Dżahangira. Początki pobytu kupca na dworze były obiecujące oraz dawały nadzieje na znaczące korzyści. Hawkins przedstawił się jako ambasador angielskiego króla Jakuba I Stuarta. W rzeczywistości reprezentował przede wszystkim Angielską Kompanię Wschodnioindyjską, nie zaś swojego monarchę. Przywiózł wprawdzie ze sobą list królewski, władca jednak miał jedynie bardzo mgliste pojęcie na temat celu misji.