Dzieciństwo Anjezë Gonxha Bojaxhiu urodziła się 26 sierpnia 1910 roku w Üsküb w Imperium osmańskim (obecnie Skopje, stolica Macedonii Północnej). Była najmłodszym dzieckiem w rodzinie ze Szkodry w Albanii. Jej rodzicami byli Nikollë i Drana Bojaxhiu. Jej ojciec uczestniczył w albańskim życiu politycznym. Po jego śmierci w 1919 roku matka wychowywała ją w wierze katolickiej. Matka w celu utrzymania rodziny podjęła pracę jako krawcowa. Prowadziła równocześnie działalność dobroczynną i często zabierała Anjezë ze sobą w odwiedziny do chorych, samotnych i starszych ludzi. Według biografii Joan Graff Clucas, Anjezë od wczesnych lat zafascynowana była żywotami misjonarzy i ich posługą. W wieku dwunastu lat postanowiła poświęcić swe życie Bogu. Sześć lat później opuściła dom rodzinny i wstąpiła do Instytutu Błogosławionej Dziewicy Maryi i została misjonarką. Nigdy więcej nie ujrzała swej matki i siostry.