Opisano też obserwacje z fermy, w której dodatkowa immunizacja prosiąt szczepionką żywą (przy równoczesnych zmianach w zarządzaniu i bioasekuracji wewnętrznej) wiązała się ze spadkiem śmiertelności poodsadzeniowej w odchowalni.
Szczepienia mogą wiązać się także z ryzykiem jatrogennego przenoszenia patogenów przy nieprawidłowej organizacji zabiegów (np. używanie tych samych igieł podczas masowych iniekcji), a w badaniach eksperymentalnych oceniano rozwiązania ograniczające to ryzyko, m.in. systemy bezigłowe. Uwzględnia się również wpływ immunosupresyjnego działania PRRSV na odpowiedź poszczepienną przeciwko innym chorobom, co może mieć znaczenie dla planowania programów szczepień w stadzie (np. w okresach wiremii PRRS).
W praktyce, ze względu na dużą zmienność wirusa i współwystępowanie innych patogenów, kontrola PRRS bywa prowadzona w ramach indywidualnie opracowanych programów zdrowotnych łączących bioasekurację, nadzór i – gdy jest to zasadne – szczepienia.