Latem 1944 roku powrócił do Salvaro, by zaopiekować się chorą matką i wesprzeć prałata Melliniego. Rejon ten stanowił wówczas obszar walk między siłami niemieckimi, alianckimi a partyzantką. Comini zaangażował się w pomoc uchodźcom, rannym oraz osobom przesiedlonym. Współpracował przy tym z sercaninem Martino Capellim. 29 września 1944 roku obaj duchowni zostali aresztowani przez żołnierzy niemieckich () na drodze do Grizzany pod zarzutem szpiegostwa. Przetrzymywani w ciężkich warunkach, byli zmuszani do transportu amunicji. Według relacji świadków Comini odrzucił propozycję uwolnienia złożoną przez komisarza Emilia Veggettiego, deklarując solidarność z pozostałymi więźniami słowami: „albo wszyscy, albo nikt” (). 1 października 1944 roku, około zmierzchu, został rozstrzelany wraz z 44 współwięźniami na terenie magazynu Industrie Canapiere Italiano w . Przed egzekucją duchowni udzielili sobie nawzajem oraz pozostałym skazanym rozgrzeszenia. Jego ciało wrzucono do rzeki Reno.