W 1847 roku objął katedrę teologii w seminarium duchownym w Sewilli. Jako uznany teolog został mianowany przez papieża Piusa IX konsultorem papieskim i brał udział w obradach Soboru Watykańskiego I (1869–1870). W 1871 roku otrzymał godność kanonika katedry w Sewilli. W pracy duszpasterskiej zasłynął jako kierownik duchowy. Ze względu na swoją pobożność i surowy tryb życia zyskał w Sewilli przydomek El Santero (pol. „Twórca świętych”) oraz Padre ojos bajos („Ojciec ze spuszczonym wzrokiem”), co nawiązywało do jego skupienia podczas poruszania się po mieście.
W 1862 roku poznał szesnastoletnią Maríę de los Ángeles Guerrero y González (późniejszą św. Angelę od Krzyża). Przez kolejne lata był jej przewodnikiem duchowym i wspierał ją w realizacji powołania. To pod jego kierunkiem María założyła w 1875 roku zgromadzenie Instytutu Sióstr Krzyża, zajmujące się pomocą najuboższym i chorym. Torres Padilla opracował pierwsze konstytucje zgromadzenia.
Zmarł w opinii świętości 23 kwietnia 1878 roku w Sewilli. Początkowo pochowany w grobowcu kapituły, w 1883 roku jego szczątki zostały przeniesione do kaplicy domu macierzystego Sióstr Krzyża w Sewilli, zgodnie z prośbą matki Angeli.