W 1632 roku, podczas wojny trzydziestoletniej, cysterki przeniosły się do zamku Thurnfeld w Hall in Tirol, a Oberschönenfeld stał się własnością pułkownika Thomasa Sigmunda von Schlammersdorffa. Zakonnice wróciły tu po trzech latach. Zakonnice po raz kolejny ewakuowały się z klasztoru w 1645 roku, podczas II bitwy pod Nördlingen, i w 1646 roku, podczas przejścia wojsk francuskich i szwedzkich. Kompleks odbudowano po zniszczeniach wojennych w latach 1657–1685.
5 stycznia 1718 ksieni Hildegardis Meixner zleciła barokową przebudowę opactwa. W 1721 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła klasztornego, który konsekrowano 25 lipca 1729 roku. Autorami fresków są Joseph Mages i jego uczeń . Obraz w ołtarzu głównym wykonał .
Klasztor zlikwidowano w 1803 roku, w okresie sekularyzacji. Majątek klasztoru został znacjonalizowany przez państwo bawarskie. W 1836 roku Ludwik I Wittelsbach reaktywował klasztor, wspólnotę w 1899 roku przyłączono do zakonu cystersów, a w 1918 roku ponownie nadano jej status opactwa. Podczas II wojny światowej siostry prowadziły w klasztorze ośrodek dla uchodźców. W 1951 roku zakonnice założyły swój klasztor filialny w mieście Itararé w Brazylii.