Po wojnie przejściowo funkcjonowała nazwa „Bożki”, a w roku 1948 wieś uzyskała urzędową nazwę Godkowo.
Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z lat 1320–1331, kiedy komtur elbląski Hermann von Oettingen dokonał jej lokacji na prawie chełmińskim, tzw. surowym korzeniu. Wieś powstała jako wieś czynszowa na obszarze 30 łanów wydzielonych z terenu sąsiedniej wsi Skowrony (niem. Schmauch) przynależna do komornictwa miłakowskiego. W 1352 roku wielki szpitalnik i komtur elbląski Otto von Dreileben nadał karczmę we wsi „Mikołajowi i jego spadkobiercom”Lech Słodownik, dz. cyt., s. 182.. Prawdopodobnie podczas wojny w latach 1409–1411 zaginął akt lokacyjny wsi, dlatego w 1417 roku wielki szpitalnik i komtur elbląski Heinrich Holt odnowił dokument lokacyjny dla Gotkendorff oraz dla sołtysa Hansa Scholza, któremu nadano 3 łany wolne od czynszu.