Wojna polsko-krzyżacka w latach 1519–1521 przyniosła zniszczenia w okolicznych wsiach. Spustoszone tereny zasiedlano ponownie, m.in. poprzez kolonizację osadników z Holandii. W 1531 roku z 23 z 30 łanów pozostawały nieobsadzone. Taki stan utrzymywał się aż do 1578 roku. Wówczas w „książęcej wsi Göttkendorff” 10 z 30 łanów nadal było niezagospodarowanych. Pozostałych 20 łanów należało do 5 chłopów (wśród nich był karczmarz, zagrodnik i pasterz). Stosunki społeczne między Niemcami a przybyszami z Holandii od początku rodziły napięcia na tle własnościowym, religijnym i dotyczące prawa zwyczajowego. Druga fala osadnictwa z Niderlandów napłynęła na opisywany obszar w 1556 roku.
Około roku 1543 Godkowo podporządkowano parafii w Skowronach (stan utrzymał się do 1945 roku). W rezultacie wojen polsko-szwedzkich z pierwszej połowy XVII w. wieś opustoszała, ale jej położenie na przecięciu szlaków komunikacyjnych przyczyniło się do powtórnego zasiedlenia. Sześciu miejscowych chłopów było zobowiązanych do szarwarku na rzecz folwarku-domeny w Bielicy (niem. Behlenhof), co wynikało z oddania w roku 1683 Godkowa i 14 innych wsi w zastaw, będący konsekwencją konieczności spłacenia długów po Zakonie Krzyżackim wobec bogatych rodzin szlacheckich. W latach 1709–1711 wieś wyludniła się na skutek panującej w całych Prusach zarazy.