Po pokoju w Tylży w latach 1807–1812 wzdłuż pobliskiej Pasłęki przebiegała linia demarkacyjna, a w całej okolicy zajęły swe leża wojska francuskie. W efekcie nieustannych przemarszów i kwaterunków splądrowana i obciążona kontrybucjami wieś stanęła w obliczu głodu (w marcu 1807 odnotowano wzrastającą śmiertelność mieszkańców). Śmiertelność z powodu głodu i chorób, a zwłaszcza czerwonki, była tak duża, że w roku 1808 zaczęto sprowadzać mąkę z Rosji dzieloną w urzędzie domen w Bielicy. Trzy rodziny w Godkowie skorzystały ponadto z bezzwrotnej pomocy finansowej Dohnów z Gładysz. Zimą 1813 roku miejscowa ludność była świadkiem odwrotu „Wielkiej Armii” spod Moskwy.
W roku 1818 wieś należała do powiatu pasłęckiego (w jej granicach pozostawała do 1 czerwca 1975 roku). Godkowo miało wówczas 122 mieszkańców oraz 27 domów. Pod koniec XIX w. spośród 52 zabudowań było zamieszkanych 36 domów i liczyła 267 mieszkańców (129 mężczyzn, 138 kobiet, z czego 265 ewangelików, 2 katolików podległych pod parafię w Osetniku i 2 wyznawców bliżej nieokreślonej religii).