Od 1752 roku wieś Godkowo należało do powiatu morąskiego w związku z wprowadzeniem nowego podziału administracyjnego w Prusach.
W czasie wojny siedmioletniej we wsi Godkowo stacjonowały wojska rosyjskie, których utrzymanie zrujnowało miejscowych chłopów. Od listopada 1806 roku mieszkańcy doświadczyli ciągłych przemarszów oddziałów pruskich i rosyjskich z Królewca na front walki z Napoleonem. 23 stycznia 1807 roku we wsi pojawili się pierwsi żołnierze francuscy, a 5 i 8 lutego żołnierze prusacy i rosyjscy, udający się na pole bitwy pod Iławą Pruską (niem. Preußisch Eylau). 9 lutego przemaszerowała piechota korpusu J. B. Bernadotte, a pod koniec lutego z pola bitwy wracali Francuzi z Polakami. Polacy pojawili się w Godkowie jeszcze 11 czerwca 1807 roku, którzy byli prawdopodobnie żołnierzami korpusu gen. Józefa Zajączka, zmierzającymi na pole bitwy pod Frydlandem (dzień bitwy: 14 czerwca 1807 roku). Również kwaterowali się we wsi dragoni z 18. regimentu marszałka Bernadotte.