Klęski wojsk koronnych w bitwach nad Żółtymi Wodami i pod Korsuniem wywarły przygnębiające wrażenie na szlachcie. Sejmiki wojewódzkie zwołane w 1648 przez Prymasa podjęły uchwały w sprawie nowych zaciągów i odbudowy armii koronnej. Na tej podstawie została utworzona chorągiew kozacka podczaszego wołyńskiego Kiliana Wielhorskiego. W trzecim kwartale 1649 liczyła 97 koni.
Po Kilianie Wielhorskim, z dniem 1 lipca 1653 szefostwo chorągwi przejął Jerzy Wielhorski.
W pierwszej połowie 1655 Rzeczpospolita przygotowywała się do odparcia szwedzkiej agresji. Sejmiki wojewódzkie, a także sejm nadzwyczajny uchwaliły podatki i nakazały zwiększenie liczebności sił zbrojnych. W drugim kwartale roku, w składzie komputu znajdowało się 86 chorągwi kozackich (pancernych) – w sumie 8039 koni. Jedną z nich była chorągiew Jerzego Wielohorskiego licząca 99 koni.
W okresie potopu szwedzkiego (1655–1660) chorągiew Jerzego Wielohorskiego przez dłuższy czas służyła pod rozkazami króla szwedzkiego Karola X Gustawa. Dlatego też „odsądzono” ją od wypłaty żołdu.