Po lekcjach przez kilka godzin ćwiczył z wujem grę na fortepianie, skrzypcach, kontrapunkt i kopiowanie nut.
Studia Wreszcie rodzice uznali, że syn jest zdolny do podjęcia systematycznej nauki i jesienią 1882 roku wysłali go do konserwatorium. Ponieważ w Budapeszcie nie było wolnych miejsc, a w Wiedniu przyjmowano uczniów powyżej czternastego roku życia, wybór padł na Pragę. Franz zdał egzaminy do klasy skrzypiec. Jego profesorem wiolinistyki został dyrektor konserwatorium Antonín Bennewitz. Chłopak od początku nauki przejawiał większe skłonności do kompozycji niż do gry na skrzypcach, w czym utwierdziło go jeszcze spotkanie w 1884 roku z Antonínem Dvořákiem, który wysłuchawszy jego sonaty, poradził mu, by odłożył skrzypce i zajął się komponowaniem. Lehár nosił się nawet z zamiarem zmiany kierunku studiów i zaczął pobierać dodatkowe lekcje kompozycji u Zdenka Fibicha. Bennewitz dowiedziawszy się o tym, zażądał albo rezygnacji z nauki kompozycji albo z nauki w konserwatorium. Energiczna interwencja ojca, przekonanego, że syn lepiej wyżyje z gry na skrzypcach niż z komponowania, sprawiła, że ten kontynuował naukę. W 1884 roku pułk ojca został przeniesiony do Pragi, co pozwoliło rodzinie na jakiś czas znowu być razem, a młodemu studentowi przyniosło poprawę bardzo skromnych warunków życiowych.