31 sierpnia 1939 roku, po pobycie w rodzinnym Lwowie, wyruszyła pociągiem na Górny Śląsk. Dzień później dojechała do Szopienic, gdzie nad ranem spotkała się z pierwszym nalotem niemieckiego lotnictwa. Jeszcze tego samego dnia dotarła do Mikołowa, gdzie jako instruktora Przysposobienia Wojskowego Kobiet wraz z drużyną zaczęła organizować punkty żywieniowe dla żołnierzy na ulicach Mikołowa. 3 września ewakuowano jej drużynę – udały się pieszo do Krakowa, gdzie ich oddział został rozwiązany. Kobernicka z bratem dotarła dalej pieszo do Lwowa.

W trakcie okupacji pracowała najpierw w przedszkolu, a następnie w Polskim Komitecie Opiekuńczym. Działała też w konspiracji – była żołnierzem Armii Krajowej. Działała jako referentka Wojskowej Służby Kobiet, a od 1 czerwca 1943 do 31 lipca 1944 roku była kierowniczką WSK Komendy Okręgu Lwów.

Należała do organizacji NIE. Podczas powstania lwowskiego w lipcu 1944 roku organizowała łączność, a gdy wojska sowieckie wkroczyły do miasta, nie ujawniła się. Została we Lwowie do wiosny 1945 roku, działając dalej w konspiracji oraz pomagając uwięzionym przez NKWD i rodzinom więźniów.