Kiedy gra została ogłoszona w marcu 2001 roku, Mad Doc składał się głównie z byłych programistów z Looking Glass Studios, zamkniętego studia, które wcześniej miało siedzibę w pobliskim Cambridge. Do lipca 2001 roku studio rozrosło się do 20 pracowników, a Davis uznał wówczas, że liczba pracowników nigdy nie przekroczy 30. Star Trek: Armada II został wydany w listopadzie 2001 roku. Mad Doc odziedziczył również produkcję od Looking Glass Studios, która została anulowana wraz z zamknięciem studia. Gra ukończona przez Mad Doc Software została wydana w marcu 2002 roku.
W maju 2002 roku Sierra Entertainment ogłosiło, że Mad Doc będzie twórcą Empire Earth: Sztuka podboju (2002), dodatku do gry Empire Earth. Chociaż dodatek otrzymał mieszane recenzje po premierze we wrześniu 2002 roku, Mad Doc pozostał głównym twórcą serii . W tym czasie Mad Doc współpracował ze Splash Damage przy Wolfenstein: Enemy Territory, rozwijając jego tryb dla jednego gracza. Activision, jako wydawca gry, zrezygnował z tego trybu w lutym 2003 roku, ponieważ jego rozwój „nie postępował zgodnie z oczekiwaniami”. Z Gas Powered Games, Mad Doc pracował nad Dungeon Siege: Legends of Aranna, dodatkiem do Dungeon Siege z 2002 roku. Legends of Aranna ukazało się w listopadzie 2003 roku, a Mad Doc opublikował darmowy pakiet bonusowy w lutym 2004 roku.