Nieco wcześniej, 19 lutego 1794 r., Rada Nieustająca zarządziła zorganizowanie wyborów do magistratów miast wolnych (królewskich) Rzeczypospolitej. 21 marca 1794 r. doniesiono z miasta Goszczyna, że „urzędów miejskich żadnych, burmistrza, wójta, rajców ławników nie wybrał”. Podczas powstania 1794 r. przez Goszczyn przechodził ze swoimi wojskami wódz naczelny – Tadeusz Kościuszko. Legenda głosi, że siedział na jednym z kamieni leżącym obecnie przy krzyżu, między Kolonią Bądków a Bądkowem. Niestety ten zryw wolnościowy nie przyniósł zwycięstwa. Rok później nastąpił III rozbiór Polski, a Goszczyn znalazł się w granicach zaboru pruskiego: Departament Warszawski Prus Południowych.
Po rozbiorach: XIX w. W latach 1807–1815 znajdował się pod jurysdykcją Księstwa Warszawskiego. Po klęsce Napoleona decyzją kongresu wiedeńskiego dawne ziemie księstwa weszły w skład Królestwa Polskiego pod berłem rosyjskiego cara.