Do najbardziej znanych produkcji należą:
Dziwne przygody Koziołka Matołka – serial animowany dla dzieci, liczne krótkometrażowe filmy animowane dla młodszej widowni oraz projekty eksperymentalne, których łączna liczba przekracza 40.
Jej filmy dla dzieci łączyły humor i narrację bajkową, natomiast animacje dla dorosłych eksperymentowały z formą i tematyką społeczną. Dorobek był istotnym elementem powojennego rozwoju polskiej szkoły animacji.
W swojej twórczości poruszała również doświadczenia zsyłki. Sybirackie grafiki artystki znajdują się w muzeach, m.in. w nowojorskim Instytut Józefa Piłsudskiego, oraz w Muzeum Cytadeli i Muzeum Niepodległości w Warszawie. Z okazji 79. rocznicy pierwszych masowych wywózek na Sybir Muzeum Pamięci Sybiru wydało szkice w formie albumowej i opracowało poświęconą im wystawę. Projekt instalacji stworzyła Iwona Kolasińska, która wybrała grafiki z bogatego zbioru udostępnionego muzeum przez autorkę. Ekspozycja wystawy Sybir ołówkiem Aliny Maliszewskiej to zbiór rysunków, będący zapisem doświadczeń zsyłki jej oraz innych Sybiraków. Prezentowane szkice obejmują czas od 17 września 1939 roku, do przełomu 1942 i 1943 roku.