Na początku XVIII wieku, za opata Jindřicha Snopka, rozpoczęto odbudowę kościoła w unikalnym stylu barokowej gotyki. Projekt powierzono Janowi Blażejowi Santiniemu, a realizację w latach 1700–1702 prowadził praski budowniczy Pavel Ignác Bayer, a następnie Jakub Vogler. Najbardziej charakterystyczne zmiany dotyczyły zachodniej fasady, wzbogaconej o szczyty z elementami gotyckimi, zwieńczone rzeźbą Matki Bożej autorstwa Jäckla. Do gotyckiego kościoła zachowano pierwotny układ przestrzenny i ogólną skalę wnętrza, ale wprowadzono nową, skomplikowaną klenbową konstrukcję, inspirowaną późnogotyckimi rozwiązaniami. W drugiej połowie XVIII wieku kościół został ozdobiony malowidłami Judy Tadeusza Suppera.
Po likwidacji klasztoru Po kasacie klasztoru w 1783, kościół stracił większość cennego wyposażenia, ale dzięki przekształceniu w kościół parafialny Sedlca i Malína uniknął całkowitej ruiny. W XIX wieku przeprowadzono renowację, zmieniając kolorystykę wnętrza z zielonej na spokojną, okrowo-białą. Kolejna renowacja, w stylu neogotyckim, miała miejsce pod koniec XIX wieku według planów Ludvíka Láblera. Ostatnia kompleksowa odbudowa odbyła się w latach 2001–2008, przywracając świątyni dawny blask.