W 1804 roku Bertin powrócił do Paryża i wznowił kierowanie gazetą, której tytuł z rozkazu Napoleona zmieniono na „Journal de l’Empire”. Pismo musiało poddać się surowej cenzurze, a w 1811 roku rząd całkowicie przejął nad nim kontrolę oraz płynące z niego zyski. Pismo utraciło niezależność redakcyjną i publikowało odtąd treści powielające linię oficjalnego, rządowego dziennika „”.
W 1814 roku Bertin odzyskał pismo, przywrócił mu dawny tytuł i otwarcie poparł rojalistów. W okresie „100 dni Napoleona” dziennik został mu ponownie odebrany i przekazany bardziej uległemu redaktorowi, a sam Bertin kierował wówczas gazetą „”. W okresie Restauracji początkowo wspierał rząd, jednak później – wraz ze swoim przyjacielem, pisarzem François-René de Chateaubriandem – przeszedł do opozycji konstytucyjnej (do 1823). Następnie wspierał umiarkowany gabinet Martignaca, a po jego upadku znów zajął stanowisko opozycyjne wobec ostatnich rządów starej monarchii.
Po rewolucji 1830 roku i nastaniu monarchii lipcowej popierał nową dynastię, zachowując przy tym pewną niezależność.