Fabuła Akcja rozgrywa się wiele lat po wydarzeniach z , pod koniec linii czasowej serii The Legend of Zelda. Link i Zelda eksplorują jaskinię pod Zamkiem Hyrule, z której wydobywa się trująca substancja zwana „mrokiem”, powodująca choroby u ludzi. Znajdują tam freski przedstawiające historię założenia Hyrule i późniejszy konflikt znany jako Wojna Uwięzienia () – starożytną bitwę z istotą zwaną „Królem Demonów” () – którą Zelda uważa za związaną z tajemniczą rasą Zonai. Zapuszczając się głębiej, odkrywają mumię unieruchomioną przez oderwane ramię. Mumia budzi się i atakuje Linka i Zeldę; w rezultacie prawa ręka Linka zostaje zraniona, a miecz Master Sword zostaje roztrzaskany. Zamek Hyrule unosi się w niebo, a Zelda spada w otchłań; gdy Link próbuje ją złapać, ta znika wraz z tajemniczym artefaktem. Link zostaje uratowany przez ramię, które budzi się później na wyspie Great Sky Island i odkrywa, że zastąpiło ono jego uszkodzoną kończynę. Spotyka ducha Rauru, przedstawiciela rasy Zonai i źródło swojej nowej ręki, który pomaga mu przemierzać wyspę. Gdy Link dociera do celu, roztrzaskany Master Sword znika, a on sam powraca na powierzchnię.