Działalność popularyzatorska mały|Drzewo krzyżowe, w j. võru ristimõts Marju Kõivupuu należy do czołowych współczesnych badaczy estońskiego folkloru. Jej działalność przyczyniła się do zwiększenia świadomości społecznej na temat znaczenia dziedzictwa niematerialnego oraz konieczności jego ochrony w warunkach globalizacji. Szczególny nacisk kładzie na zachowanie lokalnych tradycji językowych i kulturowych regionu Võro. Aktywnie działa również jako popularyzatorka – występuje w audycjach radiowych i telewizyjnych, bierze udział w projektach edukacyjnych oraz inicjatywach związanych z ochroną dziedzictwa kulturowego. Szczególną rolę odgrywa jej zaangażowanie w dokumentowanie i ochronę tzw. drzew krzyżowych (estoń. ristipuud; võro: ristimõts), będących elementem tradycyjnej obrzędowości pogrzebowej w południowej Estonii.
W 2006 r. razem z organizacją non-profit Eesti Rohelise Liikumisega, zajmującą się ochroną środowiska, przygotowała wystawę „Ristipuud Lõuna-Eesti maastikul” poświęconą drzewom krzyżowym.
Jest autorką licznych prac naukowych i popularnonaukowych dotyczących kultury estońskiej, w tym książek poświęconych obrzędom pogrzebowym, tradycjom ludowym oraz relacjom człowieka z krajobrazem kulturowym.