Andrzej Kownacki (ur. 15 września 1938 w Katowicach) – doktor nauk biologicznych, polski hydrobiolog i zoolog zajmujący się badaniami fauny dennej, w szczególności taksonomią i ekologią muchówek (Diptera) z rodziny Chironomidae oraz ich zastosowaniem w biomonitoringu wód. Wieloletni pracownik naukowy Zakładu Biologii Wód im. Karola Starmacha Polskiej Akademii Nauk w Krakowie (ZBW PAN).
Jest absolwentem katowickiego Liceum im. Mikołaja Kopernika. W 1961 roku ukończył studia na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie pod kierunkiem profesora Karola Starmacha obronił pracę magisterską pt. „Fauna denna zbiornika zaporowego w Porąbce”. Również na tej uczelni w roku 1968 uzyskał stopień doktora nauk biologicznych na podstawie rozprawy: „Ekologiczna charakterystyka fauny dennej (ze szczególnym uwzględnieniem Chironomidae) potoków Tatr Wysokich”. Od zakończenia studiów do czasu przejścia na emeryturę w 2003 roku pracował w Zakładzie Biologii Wód PAN, gdzie od roku 1974 był kierownikiem Pracowni Hydrobiologicznej. W latach 1981–1989 pełnił funkcję zastępcy kierownika Zakładu, którym był wówczas prof. Władysław Grodziński.