Policja nie była w stanie udowodnić udziału Kuna w wojnie w Hiszpanii, ale po uwięzieniu jego hiszpańskie rysunki zostały skonfiskowane i zniszczone.

W 1939, po wybuchu wojny, na mocy dekretu królewskiego został aresztowany, podobnie jak większość prominentnych działaczy komunistycznych i osadzony w obozie w Bilećy. Tam też oficjalnie wstąpił do Komunistycznej Partii Jugosławii. W czasie pobytu w obozie wykonał serię rysunków, dokumentujących życie codzienne więźniów. W 1940 obóz zlikwidowano, a Kun powrócił do Belgradu. Po ataku Niemiec na Jugosławię w kwietniu 1941, Kun udał się do Baćkiej Palanki, gdzie zamierzał dołączyć do jednostki wojskowej, ale zanim tam dotarł, armia jugosłowiańska skapitulowała. W czasie okupacji Kun zmienił wygląd i posługiwał się fałszywymi dokumentami na nazwisko Petar Antonijević. W tym czasie zajął się wytwarzaniem fałszywych dokumentów. Latem 1941 dostarczył takowe dla Josipa Broza Tity. W czasie wojny zajmował się także malowaniem portretów i projektowaniem herbów.