syntypy zostały zebrane przez niemieckiego etnografa Fedora Jagora między 1857 a 1861. Gatunek zaliczono następnie do rodzaju Cynopterus, określanego po polsku mianem krótkonoska. Przez pewien czas uznawano go za wschodni podgatunek innego gatunku tego rodzaju, krótkonoska krótkouchego.
Nadal istnieje problem z okazami celebeskimi, które nie grupują się razem z okazami filipińskimi. Mogą one należeć do innego gatunku, Cynopterus minor, który według autorów Handbook of the Mammals of the World wymaga rewizji taksonomicznej. Polskie Nazewnictwo Ssaków Świata nie wymienia jednak takiego gatunku.
Rodzaj Cynopterus został opisany przez Cuviera w 1824 roku. Obejmuje on jeszcze kilka innych gatunków określanych polską nazwą krótkonosek, mianowicie krótkonosek sfinksowy, krótkonosek indonezyjski, krótkonosek krótkouchy, krótkonosek sundajski, krótkonosek wyspowy i krótkonosek drobny. Rodzaj ten należy do plemienia Cynopterini, obejmującego 14 gatunków zaliczanych również do rodzajów Megaerops, czyli bezogoniec, oraz Ptenochirus, czyli piżmolot. Wraz z drugim plemieniem, Balionycterini, obejmującym 17 gatunków, tworzy podrodzinę Cynopterinae. Jest ona jedną z ośmiu podrodzin w rodzinie rudawkowatych (Pteropodidae), obejmującej łącznie 191 gatunków.