Od 1989 roku pracował w Instytucie Historii jako młodszy pracownik naukowy, następnie pracownik naukowy, a od 1993 roku starszy pracownik naukowy.
W 2004 roku obronił pracę doktorską (odpowiednik polskiej habilitacji) pt. Polityczna historia Białorusi w czasach rozbiorów Rzeczypospolitej. Dysertacja została jednak odrzucona przez Wyższą Komisję Atestacyjną Białorusi (WKA). Zdaniem Hienadzia Sahanowicza przyczyną było przedstawienie w niej Rosji w niekorzystnym świetle.
Zwolnienie z Instytutu Historii Zdaniem Jauhiena Aniszczanki władze Instytutu negatywnie odnosiły się do jego poglądów politycznych, tematyki badań oraz pryncypialnej postawy wobec swobód akademickich. Publikował także w niezależnej prasie, m.in. w czasopiśmie „ARCHE Paczatak”. Poruszał tematy niewygodne dla władz, takie jak rozpędzenie głodówki deputowanych Rady Najwyższej Białorusi w 1995 roku. W lutym 2007 roku przyczynił się (udostępniając informacje historyczne) do powstania listu protestacyjnego skierowanego do egzarchy Filareta przeciwko budowie cerkwi-pomnika ku czci Suworowa w Kobryniu. Gdy z Instytutu zwolniono Hienadzia Sahanowicza, Aniszczanka był jedynym pracownikiem, który otwarcie stanął w jego obronie.