18 lipca 2004 powrócił z misji do służby w 17 Brygadzie Zmechanizowanej na stanowisku szefa sekcji w sztabie brygady. Od 1 lutego 2005 w ramach IV zmiany w PKW Irak pełnił służbę jako szef Wydziału Koordynacji w G-2 MND CS do 26 lipca 2005. W 2006 objął funkcję zastępcy dowódcy 1 batalionu piechoty zmotoryzowanej w 17 BZ. W październiku i listopadzie 2006 przebywał na rekonesansie w Afganistanie, a zdobyte przez niego doświadczenia i informacje zostały wykorzystane do przygotowania I zmiany PKW Afganistan. Od 29 kwietnia 2007 mjr Tomasz Biedziak pełnił służbę w Afganistanie, gdzie w ramach I zmiany podczas misji PKW Afganistan był zastępcą dowódcy Polskiej Grupy Bojowej (PGB)Kurier Międzyrzecki nr 12 Grudzień 2007 s. 28.. 31 października 2007 po powrocie z misji objął stanowisko dowódcy międzynarodowego batalionu Grupy Bojowej. W 2007 został wybrany „Oficerem Roku” w 17 BZ i 11 DKPanc. 27 marca 2008 w Centrum Konferencyjnym WP w Warszawie podczas uroczystej gali XIV edycji Buzdyganów – dorocznych nagród tygodnika Polska Zbrojna, mjr Tomasz Biedziak otrzymał nagrodę „Buzdygana 2008” w kategorii „Oficer Roku”.