Nowelizacja przewidziała, że wielkość strefy określa samorząd, a w przypadku oceny jakości powietrza obejmującej więcej niż jedno miasto powyżej 100 tys. mieszkańców obowiązek dotyczy tego miasta, w którym odnotowano przekroczenie zanieczyszczeń. Według PAP rada gminy może w uchwale ustanawiającej strefę dopuścić odpłatny wjazd pojazdów niespełniających wymogów emisyjnych w określonych godzinach i w okresie nie dłuższym niż trzy lata od ustanowienia strefy.
Oznakowanie i kontrola W polskim systemie znaków drogowych początek strefy czystego transportu oznacza znak informacyjny D-54 „strefa czystego transportu”, a jej koniec znak informacyjny D-55 „koniec strefy czystego transportu”.
Kontrola uprawnienia do wjazdu może odbywać się na podstawie nalepek albo z wykorzystaniem danych z Centralnej Ewidencji Pojazdów i Kierowców (CEPiK). Laboratorium Stref Czystego Transportu wskazywało, że dostęp do danych CEPiK pozwala samorządom kontrolować pojazdy także przez odczyt tablic rejestracyjnych i monitoring, bez oparcia całego systemu na nalepkach.