Gdy zaczęły się aresztowania wśród działaczy KZPL w styczniu 1941, zbiegł z Włocławka, gdzie mieszkał z rodzicami pod okupacyjnym adresem Hindenburgstrasse 13 i schronił się w Lubaniu, skąd planował ucieczkę do Generalnego Gubernatorstwa.
Aresztowany został w Lubaniu. Przetrzymywany był początkowo we Włocławku, gdzie w ramach śledztwa, konfrontowany był z Kłosowskim. Prowadzący śledztwo prokurator Alfons Peter Bengsch był zainteresowany również związkami Magielskiego z przedstawicielami duchowieństwa polskiego we Włocławku. Prokurator Alfons Peter Bengsch, oskarżył Magielskiego o zdradę stanu i 27 czerwca 1941 skierował akt oskarżenia do Trybunału Ludowego (Volksgerichtshof) w Berlinie. Ostatecznie, sprawa KZPL trafiła do Prokuratury przy Wyższym Sądzie Krajowym (Kraju Warty) w Poznaniu, która zaliczyła Magielskiego do grupy A, obejmującej siedmiu głównych oskarżonych – przywódców organizacji (W. Dszkowska, E. K. Kłosowski, W. Magielski, S. Mazurek, J. Lech, B. Lech i H. Wojdyłło). W tym czasie Magielski, przebywał w więzieniu, w Saksonii. Został skazany na karę śmierci. Zmarł w październiku 1942 w więzieniu, w Dreźnie lub Zwickau, jeszcze przed wykonaniem wyroku śmierci, a dokładna data jego śmierci nie jest znana.