Patriarchat Po śmierci patriarchy Jana El Hajja, 6 stycznia 1899 roku został wybrany na jego następcę, co 19 czerwca tego samego roku zatwierdził papież Leon XIII, który udzielił mu paliusza. Przyjął tradycyjne maronickie imię drugie „Piotr” (Boutros), podkreślające sukcesję po św. Piotrze jako pierwszym biskupie Antiochii.

Podczas jego pontyfikatu wybudowano nową rezydencję patriarchalną w Bkerké oraz zainicjowano wzniesienie monumentalnej statuy Matki Bożej Pani Libanu w Harissie, która stała się symbolem kraju. Troszczył się również o diasporę maronicką, tworząc nowe struktury kościelne i niezależne diecezje w Egipcie, na Cyprze, w Stanach Zjednoczonych oraz w Argentynie.

I wojna światowa i głód Okres I wojny światowej przyniósł Libanowi katastrofalną klęskę głodu wywołaną m.in. blokadą wybrzeża syryjsko-libańskiego przez aliantów oraz konfiskatą żywności przez wojska osmańskie. Patriarcha osobiście angażował się w dystrybucję chleba i funduszy pomocowych przesyłanych przez libańską diasporę oraz rząd francuski. Ze względu na profrancuskie sympatie, osmański gubernator wojskowy Dżemal Pasza wielokrotnie podejmował bezskuteczne próby skazania Hoayeka na wygnanie.