Dzieje późniejsze Po zbudowaniu do dziś stojącego kościoła, Góra Świętej Małgorzaty była z nim nierozerwalnie złączona. Kościół, oprócz dóbr w Górze, wynoszących , posiadał także duże folwarki w Bryskach oraz w Morakowie . Przez ponad 400 lat należał on bezpośrednio do kanoników laterańskich z klasztoru w Trzemesznie.
Dopiero w 1818 car Aleksander I zamknął klasztor i skonfiskował jego dobra, a kościół w Górze św. Małgorzaty przeszedł do diecezji włocławskiej, a większość jego folwarków została sprzedana lub oddana chłopom. Od tamtego roku we wsi zaczęto prowadzić statystyki np. ludności czy domostw, których nie prowadzono, gdy ta należała do klasztoru. Na przykład w 1827 w Górze św. Małgorzaty były 23 domy oraz 153 mieszkańców (według Słownika Geograficznego Królestwa Polskiego).
8 września 1939 żołnierze Wehrmachtu dokonali zbrodni na ludności cywilnej wsi. Niemcy zabijali kobiety podczas przygotowywania posiłków, rolników w polu. Strzelali też do osób uciekających z palących się zabudowań, które wcześniej podpalaliJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939-1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 275..