Podczas II wojny światowej ze wzniesienia usypanego według legend przez św. Małgorzatę, które ma wysokości względnej i eksploatowano duże ilości żwiru. Do dziś można tam znaleźć bardzo duże, kilkumetrowe wykopy. W 1961 w Górze św. Małgorzaty odbył się VI Kongres Międzynarodowego Towarzystwa do Badań Czwartorzędu. Miejsce to zostało wybrane m.in. ze względu na występowanie wydm. W latach 1968–1969 wzgórze św. Małgorzaty i znaczna część wsi zostały zalesione.
Na cmentarzu w Górze św. Małgorzaty znajduje się grób majora Żabokrzyckiego, dowódcy oddziałów powstańczych z 1863. Wcześniej na dużym metalowym krzyżu znajdowały się słowa „major wojsk polskich”, jednak zostały one usunięte przez Niemców w czasie II wojny światowej. W 1939 pochowano na tamtym cmentarzu także 12 polskich żołnierzy poległych w czasie wojny obronnej Polski. Ich ciała zostały w 1952 przeniesione na cmentarz w Łęczycy, a w miejsce grobów odsłonięto tablicę pamiątkową.
W 1995 z udziałem władz wojewódzkich odbyły się w Górze Świętej Małgorzaty uroczyste obchody jej 850-lecia.