Nietoperz ten zasiedla tereny od poziomu morza do wysokości 1600 m n.p.m.
Ekologia Siedliskiem piżmolota małego są lasy nizinne i górskie, pierwotne, ale też wtórne. W przeciwieństwie do niektórych innych członków swego plemienia jak krótkonosek uprawowy, nie spotyka się go na terenach zmienionych ręką ludzką typu tereny rolnicze czy miasta.
Gatunek występuje pospolicie w lasach pierwotnych nizinnych i górskich, także w lasach mglistych. W lasach wtórnych jest względnie pospolity, aczkolwiek badanie z 2002 w zmienionym przez człowieka lesie mglistym na niskich wysokościach wykazało nieliczne osobniki. W lasach odrastających występuje w niewielkiej liczbie. Pospolicie występuje na wysokości powyżej 1000 m n.p.m. W badaniach w lesie zdominowanym przez Inocarpus fagifer (kayam) był rzadko spotykany.
Zwierzę jest w większości owocożerne, podobnie jak inne rudawkowate. Główną część jako pokarmu stanowią owoce figowca, którymi żywi się przez cały rok. Aczkolwiek nie pogardza również bananami, zarówno dzikimi, jak i uprawianymi ręką człowieka.
Na wyższych wysokościach piżmolot mały występuje sympatrycznie z piżmolotem dużym.