Później pracował przy kolejnych projektach kolejowych, m.in. nad profilem tunelu pod przełęczą między doliną Val de Ruz a La Chaux-de-Fonds (tunel Loges), gdzie jego prognozy geologiczne potwierdziły się niemal w całości podczas budowy. Alfred Hartmann (1814–1897) w swoim portrecie Gressly’ego z 1868 roku napisał, że „towarzystwo geologiczne w Londynie powitało tę zgodność teorii z praktyką jako wspaniały triumf nauki”.

Ostatnie lata i śmierć thumb|upright|Grób Gressly’ego w Feldbrunnen-St. Niklaus Gressly odbył też dalsze podróże. W 1859 roku wyprawił się z Desorem nad Zatokę Lwią w południowej Francji. W 1861 roku, pod kierownictwem i wraz z Carlem Vogtem oraz malarzem , dotarł na Przylądek Północny, wyspę Jan Mayen i do Islandii.

Gressly od młodości cierpiał na dolegliwości psychiczne, które nasiliły się w latach 60. XIX wieku. Ostatnie miesiące życia spędził na leczeniu w klinice psychiatrycznej Waldau w Bernie. Wydawało się, że jego stan się poprawia, gdy 13 kwietnia 1865 roku Gressly niespodziewanie zmarł wskutek udaru mózgu. Przyrodnik Oswald Heer zanotował, że w czasie choroby Gressly’ego zaczęły dręczyć halucynacje, w których zdawało mu się, że przeobraża się w Gresslyosaurus.